Die Geschichte von Bunnahabhain Cèobanach, was "rauchiger Nebel" aus dem Schottischen Gälisch bedeutet, begann mit einem Traum von Ian MacMillan, dem Brennmeister von Bunnahabhain. Sein Wunsch war es, die Ursprünge von Bunnahabhain zu widerspiegeln, sowohl den Ort wie auch den reizvollen Charakter dieser Single Malts. Er nahm seine Inspiration vom Leben auf der Insel in den 1800-er Jahren, als die ganze Gemeinde von Torf abhängig war für Wärme, Kraftstoff und den Handel. Eine Zeit, in der sich Rauch aus dem offenen Kaminen mit der salzigen Meeresluft vermengte und einen "rauchigen Nebel" hervorbrachte, den man geradezu schmecken konnte.

Die Destillerie Bunnahabhain, im Jahre 1897 erbaut, war bis 2003 im Besitze der Erbauer (Highland Distillers, Edrington). Die Brennerei, welche kurz vor der Schliessung stand, wurde dann durch Burn Stewart gerettet.